Tên cũ của Khuan Don là Duson (ดุสน), một tên có gốc Mã Lai, Dusun (Jawi: دوسون).

Khuan Don đã là một tiểu huyện (king amphoe) trước khi được sáp nhập vào Mueang Satun. Ngày 1 tháng 2 năm 1977, chính quyền đã tách tambon Khuan Don và Khuan Sato để tái lập một tiểu huyện.[1] Đơn vị này đã được nâng cấp thành huyện ngày 1 tháng 1 năm 1988.[2]